Het huishoudelijk reglement regelt de werking van de leerlingenraad en bepaalt ten minste:

• de manier van samenstelling. De raad heeft in dit verband de opdracht om een representatieve weergave van de leerlingenpopulatie te bevorderen. 
• het aantal mandaten;
• de manier waarop nieuwe leden tijdens de mandaatperiode kunnen toetreden tot de raad en de redenen en wijze om mandaten vervroegd te beëindigen;
• de manier waarop zij hun afvaardiging bepalen voor de schoolraad;
• de manier om ervaringsdeskundigen en experten te betrekken bij de werkzaamheden van de raad (in praktijk betekent dit om de mogelijkheid te voorzien om externen uit te nodigen op de raad);
• de manier van bijeenroeping en de vergaderfrequentie;
• de manier van besluitvorming;
• de manier om de communicatie- en informatieplicht te realiseren;
• de vakantieperiodes die de termijn schorsen waarbinnen het advies op vraag van de schoolraad of uit eigen beweging beantwoord moet worden.

De geleding leerlingen heeft recht op afvaardiging in de schoolraad. Als er een leerlingenraad bestaat, zal deze leden van de leerlingenraad afvaardigen naar de schoolraad. De leerlingenraad kan ook afzien van dit recht. Dan wordt de geleding leerlingen in de schoolraad samengesteld via verkiezingen. Katholiek Onderwijs Vlaanderen is voorstander om de vertegenwoordiging uit de leerlingenraad af te vaardigen.

Na de oprichting van de leerlingenraad en voor het einde van het mandaat van de schoolraad kan de wijze van vertegenwoordiging in de schoolraad besproken, goedgekeurd en vastgelegd worden in het huishoudelijk reglement.

Bij het opnieuw samenstellen van de schoolraad gebeurt de afvaardiging zoals voorzien in het huishoudelijk reglement.

De leerlingenraad kan vragen dat de directeur aanwezig is bij de vergaderingen. Hierover kan in het huishoudelijk reglement een bepaling worden opgenomen.

Het schoolbestuur verstrekt de leerlingenraad de nodige logisitieke ondersteuning. Dit betekent o.m. dat het schoolbestuur ondersteuning biedt bij de organisatie van eventuele verkiezingen, dat het schoolbestuur voorziet in een vergaderruimte.

Het schoolbestuur verstrekt bovendien de leerlingenraad en de vertegenwoordigers van de leerlingen in de schoolraad de nodige begeleiding. Het decreet beschrijft niet wat deze begeleiding precies inhoudt, maar de decreetgever vond het belangrijk dat jongeren decretaal onderbouwd kunnen rekenen op ondersteuning vanuit het schoolbestuur.

De leerlingenraad beschikt voor de uitoefening van hun decretale bevoegdheden over een zekere onafhankelijkheid tegenover het schoolbestuur. Toch vallen zij in principe onder de verantwoordelijkheid en aansprakelijkheid van het schoolbestuur. Het is daarom belangrijk dat steeds duidelijk wordt afgesproken dat de initiatieven van de leerlingenraad in overleg met het schoolbestuur worden opgenomen. Als dat niet het geval is, vallen de activiteiten buiten het schoolleven en op eigen verantwoordelijkheid van de ouders van de minderjarige leerling.

De middelen waarover de leerlingenraad beschikt, behoren tot de middelen van het schoolbestuur en worden bijgevolg ook opgenomen in de boekhouding van het schoolbestuur. Middelen buiten de boekhouding houden, komt neer op een overtreding van de vzw-wetgeving. Omdat raden soms zelf middelen zullen genereren waarvan ze zelf de bestemming willen bepalen, is het noodzakelijk dat het schoolbestuur en de leerlingenraad afspraken maken over de aanwending van deze middelen. Deze afspraken worden bij voorkeur schriftelijk vastgelegd.

Het lijkt logisch dat leerlingenraad een eigen begroting opmaakt waarin zij de kosten voor de werking (kopieën, vergoedingen sprekers, drankjes, ...) en verwachte opbrengsten opnemen. Zij zullen daarnaast ook communiceren over de manier waarop zij de middelen willen besteden die ze genereren via het organiseren van eigen initiatieven.

De leerling, die deel uitmaakt van de leerlingenraad, kan geen tuchtsanctie oplopen voor meningen geuit in de uitoefening van hun mandaat.