De bevoegdheden van een bestuur van een onderwijsinstelling vertrekken vanuit de actieve vrijheid van onderwijs beschreven in artikel 24 van de Belgische Grondwet. De passieve vrijheid gaat over de vrijheid van ouders om een school te kiezen voor hun kinderen. De actieve vrijheid van onderwijs gaat over de vrijheid om onderwijs te organiseren en omvat het recht van oprichting, het recht van richting en het recht van inrichting.

De kernbevoegdheden van een bestuur van een onderwijsinstelling zijn de bevoegdheden die er on-losmakelijk mee verbonden zijn. Zij zijn geworteld in de drie componenten van de actieve vrijheid van onderwijs. Concreet gaat het om de volgende bevoegdheden:

• het oprichten van een school, al dan niet met een levensbeschouwelijke inspiratie (vrijheid van oprichting en richting);
• het bepalen van het pedagogisch project van de school (vrijheid van richting);
• het bepalen van het onderwijsaanbod (vrijheid van oprichting en inrichting);
• de aanwerving van personeel dat de capaciteiten bezit om het pedagogisch project van de school waar te maken (vrijheid van inrichting en richting), met andere woorden ‘werkgeverschap;
• het onderhouden van de betrekkingen met leerlingen, inclusief inschrijvingsovereenkomst en dergelijke(vrijheid van oprichting en inrichting).

Deze bevoegdheden vormen samen de integrale onderwijsbevoegdheid van een bestuur. Een bestuur dat die integrale onderwijsbevoegdheid opneemt en wiens scholen of internaten erkend zijn door de overheid, heeft het recht om officiële studiebewijzen, getuigschriften en diploma’s af te leveren. Verder heeft het bestuur recht op subsidiëring van de Vlaamse Overheid, in hoofdzaak in de vorm van gesubsidieerd personeel, werkingstoelagen en investeringssubsidies.