De algemene vergadering van Katholiek Onderwijs Vlaanderen controleert en keurt de begroting goed, stelt bestuurders aan en geeft kwijting.
Conform artikel 17 van de statuten bestaat de Algemene Vergadering uit de werkende leden van de vereniging. De werkende leden zijn (cf. artikel 11 van de statuten):
Bisschoppelijk vicarissen en/of bisschoppelijk afgevaardigden/gedelegeerden, bevoegd voor het onderwijs in ieder van de Vlaamse bisdommen
De algemene vergadering komt minstens tweemaal per jaar samen. De raad van bestuur roept de algemene vergadering telkens samen.