De regionale werking van Katholiek Onderwijs Vlaanderen wordt georganiseerd in nauwe samenwerking met het vicariaat onderwijs, een dienst van de bisschop. De vicariale diensten van de verschillende bisdommen zijn verantwoordelijk voor de regionale dienstverlening aan scholen en hun besturen. Ze staan in voor de regionale representatie en belangenbehartiging van Katholiek Onderwijs Vlaanderen. De vicariale diensten worden geleid door de bisschoppelijk gedelegeerde, die ook het comité besturen (COBES) en de Coördinatiecommissie (DPCC) voorzit en de inspectie-begeleiding rooms-katholieke godsdienst coördineert.