Scholen die gebruik maken van flexibele leertrajecten kunnen afwijken van de regelgeving. Bij een aantal trajecten moeten leerlingen niet voldoen aan de toelatingsvoorwaarden, bij andere kunnen ze vrijgesteld worden of beslist de delibererende klassenraad op het einde van het schooljaar niet over het al dan niet geslaagd zijn van de leerling. Scholen kunnen dit enkel toepassen na een principiële beslissing van het schoolbestuur. Daarnaast gelden voor elk flexibel traject nog andere voorwaarden.